يواجه المخيم بحسب "الأونروا" العديد من المشاكل كسوء نظام الصرف الصحي الذي تم تصميمه في الأصل لتصريف النفايات السائلة فقط، ما يجعله غير ملائم لاحتياجات اللاجئين.

كما أنه يعاني من سوء التنسيق بين الجهات ذات الطابع الخدمي، ما أثر على حياة السكان كما حدث عندما قامت شركة كهرباء القدس باستبدال شبكة الكهرباء داخل المخيم.

وقد قامت شركة مياه القدس، عام 2007 باستبدال الشبكة من دون أن تعمل على التنسيق مع "أونروا" ما تسبب في إتلاف الطرق المعبدة والعمل على زيادة الوضع السيئ في المخيم بدرجة أكبر.

كما أن المنازل الموجودة في المخيم، وبحسب طريقة تصميمها، تسببت في مشكل آخر، وهو الافتقار إلى منافذ التهوية المناسبة، ما يزيد من صعوبة العيش فيها.

أما في ما يخص البطالة، فإن كل شخص من بين خمسة أشخاص في مخيم قلنديا عاطل عن العمل، خصوصا أن سلطات دولة الاحتلال تقيد فرص عمل الفلسطينيين في الأراضي التي تحتلها.

ولا يزال المخيم يشهد مصادمات مع جنود الاحتلال بشكل مستمر، تتصاعد مع الأحداث الساخنة التي تشهدها فلسطين.