يوجد في المخيم مركز صحي تابع لوكالة الغوث، طاقمه مكوّن من طبيب عام، وطبيب أسنان، وطبيبة للرعاية النسائية، إضافة لمخبر وصيدلية. ولتوضيح حجم الخدمات المقدمة لأبناء المخيم من قبل المركز الصحي التابع للأونروا؛ فقد بيّنت إحصائية بأن ما بين كانون الثاني وحزيران من عام 2002م، أي خلال ستة أشهر من عمله، سجل المركز الصحي 20858 زيارة لمريض من أبناء المخيم؛ وهذه دلالة واضحة على اعتماد أبناء المخيم على هذا المركز.

إضافة لمركز الأونروا الصحي، يوجد في المخيم عيادة صحية تابعة للهلال الأحمر الفلسطيني تضم طبيبًا واحدًا وثلاثة ممرضين، وعاملًا غير فني، وتقوم العيادة بالتخفيف نوعا ما عن مركز الأونروا المكتظ.

الأمراض التي يعاني منها أبناء مخيم خان دنون بالدرجة الأولى ينتشر فقر الدم المنجلي، والتلاسيميا، والشلل الدماغي، والإعاقات، وداء بهجت، والعوز المناعي. وكل تلك الأمراض سببها وراثي ناتج عن زواج الأقارب المتكرر. ويضاف إلى هذه الأمراض أمراض  العصر كالضغط الشرياني والسكري.